为了帮助刘裕巩固统治，刘牧之采取了几项重要措施。

一是重建司马家族的正统地位，以显示景口叛乱的合法性。焚毁了桓玄为桓温立的牌位，为晋国皇帝修建了一座新庙，并接待东晋皇帝司马德宗。

其次，对于桓楚政权的官员来说，他们只惩罚主犯，而不威胁帮凶。刘把矛头对准了桓家，并赦免了其他人的罪行。

第三，协调派系和阶层关系。由于当时刘裕的声望不高，刘牧之便任命贵族王宓为刘裕在朝廷的代理人。

刘牧之将京口的将官从原来的中下级军官提拔为御前侍卫、御史等地方要员，控制了京师周边的军事力量。

四是在前朝律法的基础上，“考虑时令，随改，不以满日，俗改”，从而结束了京城的混乱局面。

2. 为刘宇的发展和成长提出建议

2.1提出要挟天子，使诸侯帮助刘裕控制朝政

义熙三年(407年)，刘裕在朝廷的代理人王宓病逝，刘逸等知识分子希望借此机会排挤刘裕，提出由谢氏杂任扬州都督，仆射刘昶为司徒，录书，企图夺取刘裕的权力。朝廷派书权程丕慎去征求刘羽的意见。

荆口之乱开始时，刘义和张炳昌是刘裕的战友。这一次，他们联合起来夺取政权，这表明靖口叛乱的贡献者已经分成了两个阵营。以刘仪为首的知识分子不愿受出身贫寒的刘裕的控制。

刘牧之对刘毅等人的意图有着敏锐的理解。他劝刘裕亲自到京城去，理由是相国的职位很重要。朝廷里没有人敢把这么重要的职位让给别人。

刘裕采取了刘牧之的策略，朝廷册封刘裕为师，车旗将军，开府仪带三师，扬州巡抚，记书，兼徐州、兖州巡抚，从而牢牢控制了政府的权力。

后来，刘牧之与刘裕商量说：“古时讹诈天子劝服诸侯，今亦同时”，建议刘裕效法魏武帝曹操，尊晋安帝为统天下。

2.2协助刘虞肃清异见

通过刘毅试图夺权的事件，刘牧之意识到刘毅“活不下去，终成异端”，因此提醒刘裕要谨小慎微。

刘牧之利用刘义所拒绝的人，帮助刘裕扩大势力。例如，当张绍拒绝加入刘义时，刘牧之将他推荐给刘裕，刘裕任命张绍入伍为军官。

谢方明和蔡阔是刘义的好朋友，在看到刘义倒台后，他们去看望了刘牧之。于是刘牧之向刘裕推荐了两个人，刘裕给了他们重要的角色。

义熙七年(411)，刘裕觉得铲除刘仪的时机已经成熟，就亲自征募了刘仪。

战前，俞俞俞俞把诸葛长民交给俞太守诸葛长民住在府中，刘牧之协助诸葛长民处理政事。

诸葛长民正卷入京口旧革命的叛乱，此时他看到刘宇铲除异己，所以有一种兔死狐愁的感觉。

诸葛长民对刘牧之说：“人文主义者说太尉待我不公平。为什么？”刘牧之见诸葛长民造反，为了麻痹他，刘牧之赈灾到：“相公西签，老母弱兄总委，何事冤枉？”

诸葛长民在刘牧之的忽明忽暗下，放弃了造反的机会。不久，刘裕平定了刘仪的叛乱，回到了京师。

刘牧之已经把诸葛长民谋害自己的事告诉了刘裕。刘裕回到京城后，召见诸葛长民，趁他措手不及时杀了他。

刘裕除掉权臣后，把目标对准了东晋皇族。荆州知府马修之出身皇族，名声很好，所以很受欢迎。

义熙十一年(415)，刘裕率军攻打司马修之，留刘牧之守都。在刘裕的强力进攻下，司马修之很快被打败，被迫逃往后秦。

2.3兼收并蓄，立功立业

作为刘裕的得力助手，刘牧之帮助他找到了一大批有才能、忠诚的人。刘牧之推荐的人才主要有以下几类：

一个是高级学者。当时，封建制度已有百年历史，刘裕本人出身贫寒。许多知识分子从心里排斥刘裕，这对刘裕的统治是非常不利的。

为了巩固刘裕的统治，刘牧之十分注重从知识分子中挖掘人才。刘裕的军中孟昌自杀，刘裕问刘牧之谁能接班，刘牧之推荐谢惠，谢惠出身陈县谢家，家世高贵。