1495年2月，当时的阿伯丁主教威廉埃尔芬斯通(William Elphinstone)被苏格兰国王詹姆斯四世(King James IV)派往罗马会见教皇亚历山大六世(Pope Alexander VI)，请求允许他在阿伯丁老城(Old City of Aberdeen)建立一所名为国王学院(King’s College)的大学。1495年2月6日，教皇会见了埃尔丰斯。在详细调查了大学为什么在阿伯丁成立以及它将如何在财政上维持之后，大学由教皇公牛正式成立。建校之初，全校师生只有36人。

1497年，该大学设立了世界上第一个英语医学教学职位，以及英语国家的第一所医学院。这所大学主要为苏格兰北部培养医生、教师和部长，以及当时苏格兰政府的律师和行政人员。1593年，第五任马修伯爵乔治基思在南部阿伯丁新城的中心建立了阿伯丁的第二所大学——马里斯查尔学院。

1860年，根据英国议会通过的《1858年大学(苏格兰)法案》，这两所学院合并，正式成为阿伯丁大学。它还规定了国王学院大学的年龄，使其成为苏格兰第三所最古老的大学，也是英国第五所最古老的大学。排名前四的大学按时间顺序分别是牛津大学、剑桥大学、圣安德鲁斯大学和格拉斯哥大学。

合并后的国王学院教授人文、艺术和神学，而马太学院教授医学和法律。1892年，一个新的科学院在马太学院成立。1894年，该校招收了第一批女学生。1950年，大学大幅增加了招生人数，而马修学院由于位于阿伯丁中心，无法容纳越来越多的学生和教师。除了医学外，大学的主要教学设施逐渐向北迁移到国王学院的所在地。马修学院主要用作艺术博物馆和毕业礼堂，其古老而美丽的建筑是阿伯丁市中心的旅游景点之一。

2001年，阿伯丁北部教育学院合并，同年成立了教育部。2003年，大学进行了内部重组，将原来的五个系重组为三个学院。学院内较小的学院，如商学院，也于同年成立。

2006年2月，大学与阿伯丁市地区管理局达成协议，将马修学院租赁给阿伯丁市地区管理局作为办公室，为期175年。大学通过一系列大规模投资为未来做准备。在接下来的十年里，大学将花费2.3亿英镑来升级他们的设施。投资项目包括医疗大楼、图书馆、体育中心等。学校还设立了一系列“六世纪奖学金”，并聘请了一些不同学科的教授。