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fpkm值的意义

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FPKM不代表表达量。FPKM是测量相对基因表达量的公式。

FPKM是从图谱到基因的片段数除以从图谱到基因组的所有读取数(百万)和RNA长度(KB)。适用于单端和双端测序。

FPKM与RPKM的区别:

不同之处在于FPKM计算片段,而RPKM计算数据(读取)。

Fragment的含义比read更广泛,因此FPKM的含义更广泛,无论是作为pair-end Fragment还是作为read。

FPKM和RPKM RPKM代表每千个碱基读取每百万张地图的转录量。FPKM代表转录每千个碱基片段读取每百万张地图。

虽然fpkm值大于0的显著性被认为是表达(事实上,有时当检测值小于0.05时,被认为是不表达,并统一归类为0),但更多的文献认为大于等于1的fpkm值是有效表达,且值越大,表达水平越高。

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