温室番茄生产中茬口多，不同茬口主要病虫害不同。冬春季番茄主要病虫害有灰霉病、晚疫病、叶霉病、蚜虫和烟粉虱，部分地区有根结线虫、灰叶斑病和溃疡病。夏秋季番茄主要病虫害有黄化曲叶病毒、根结线虫、晚疫病、叶霉病、灰斑病、蚜虫和烟粉虱。根据病虫害的初始来源，保护地番茄病虫害绿色防控全过程的核心内容包括产前生产环境的整体清洁、无虫害育苗、大棚表面消毒和土壤消毒；生产中应在优化栽培管理、双网覆盖、黄板诱杀的基础上，用生物或化学药剂进行综合防治；交货后及时对蔬菜病虫害进行无害化处理。

根据各茬病虫害发生特点，培育壮苗，选择抗病品种，重点是抗黄化曲叶病毒病或根结线虫病的品种。育苗棚育苗前进行表面消毒和土壤消毒。表面消毒，用20%辣根水乳剂1000毫升，加水3~5公斤，间隔4~6小时，或每亩用20%腐霉利0.25 ~ 0.5公斤，22%敌敌畏熏蒸12~24小时。苗木基质的消毒可采用移动式臭氧农业废弃物处理装置熏蒸消毒，或每立方米水中10 ~ 15毫升20%辣根乳剂消毒12h后再消毒1 ~ 2天。用2000~2500倍液喷洒98%恶霉灵可对苗床土壤进行消毒。为防止溃疡病，宜使用47%加里农春雷王瞳可湿性粉剂，用量为种子重量的0.4%。夏秋季在出入口和通风口设置50目防虫网，防止烟粉虱和蚜虫进入，预防病毒病。苗棚里挂着黄板，用来诱捕和杀灭可能残留的害虫。移栽前，根据病虫害发生情况，必要时喷一次药，防止病虫害。

棚面消毒定植前，在通风口和出入口设置防虫网，封闭棚。滴灌管铺设后，通过滴灌系统将20%辣根水乳剂1-1.5公斤永久施于土壤表面，保持棚内密闭12小时，使土壤表面释放的辣根将彻底杀死棚面的各种病菌和小害虫；或者用10%苯醚甲环唑水分散粒剂1000倍溶液和5%阿维菌素水乳剂3000倍溶液均匀喷洒在大棚的土壤、墙壁、薄膜等处，对大棚表面进行消毒。

土壤消毒定殖前2~3天，用薄膜覆盖滴灌管，通过滴灌系统将每亩20%辣根水乳剂4~6公斤滴入土壤耕层，封闭12~24小时，可杀灭土壤中的根结线虫、疫病、枯萎病、溃疡病等各种病虫草害。最好是处理后再施生物有机肥，补充有益微生物。

病虫害防治生长期发现的病果、病叶、病枝应及时清除，并拿到棚外集中妥善处理。用熊蜂、蜜蜂或振荡器授粉，可有效防治灰霉病，也可在果实坐果前，用40%嘧霉胺悬液800-1000倍液喷洒花果，浇促果水。预防晚疫病可适当增加控温水，发病初期喷施银发利687.5 g/L氟霜霉威悬浮剂。Garinon春雷王瞳可湿性粉剂和苯醚甲环唑可用于叶霉病早期喷雾。溃疡初期，可采用47%加里农春雷王瞳可湿性粉剂、噻虫胺、农用硫酸链霉素等药物进行喷洒和灌根。代森锰锌和氟硅唑可用于早期防治灰斑病，苯醚甲环唑和嘧菌酯可用于中后期防治。为了控制烟粉虱、蚜虫和其他害虫，应在出入口和通风口设置50目防虫网，大喊