生殖医学中心

瑞金医院生殖医学中心成立于2001年，是一门注重发展的新兴学科。在中心主任冯云教授的带领下，在中心全体医护人员和研究生的共同努力下，瑞金医院生殖医学学科得以建立和发展。2004年通过国家卫生部评审，获得开展人类辅助生育技术的资质。它是上海最早获得人类辅助生育技术的三家医院之一。经过5年多的运营，生殖中心已进入正常轨道，逐步发展起来。形成了爱而奉献、团结而奉献的良好氛围和工作作风，建立了完善的医疗流程、岗位责任制、实验室质量监控制度、病案登记与随访制度等一系列规范。由于操作精良、规范，临床妊娠率和着床率不断提高，处于国内先进水平。

血液学部门

上海交通大学医学院附属瑞金医院血液科创建于上世纪70年代。其创始人王振义教授，中国工程院院士、法国科学院外籍院士，于1987年推动成立血液科。上海血液学研究所是在瑞金医院、仁济医院、新华医院、第九人民医院血液科、第二医科大学病理生理科的基础上组建而成。首任主任是王振义院士。

烧伤骨科

自1958年以来，上海交通大学医学院附属瑞金医院烧伤整形科成功治疗了大面积烧伤的钢铁工人邱彩康。经过多年的探索，成功建立了以瑞金烧伤补液配方、混合移植法、冬眠疗法等为特色的大面积烧伤的治疗方法，被誉为中国方法。

普通外科

上海交通大学医学院附属瑞金医院外科是上海市九大重点学科之一。“五”、“十五”期间，是“211工程”重点学科，上海市教委二期重点学科，上海市医学优势专科一、二期重点学科，上海市医学重点学科。是外科学硕士、博士培养基地和博士后科研流动站。

神经内科

上海交通大学医学院附属瑞金医院神经内科已有近40年的历史。现设2个病区，床位80张，共有医生25人，其中教授6人，副教授9人。设有脑电图室、帕金森氏病诊断研究中心、上海阿尔茨海默病中心和神经病学研究所。

内分泌学和新陈代谢

上海交通大学医学院附属瑞金医院内分泌代谢科由匡安坤、陈家伦、徐曼音教授牵头创办。经过几代人的发展，已成为国内最重要的内分泌代谢研究基地之一，与国际先进水平同步发展。

心血管药物

上海交通大学医学院附属瑞金医院心血管内科成立于1954年，由著名心血管专家陶青、龚兰生等创建，戚文航、沈伟峰等教授发展。它在国内外享有相当的知名度。1

胃肠病学

上海瑞金医院消化内科是国家211工程重点学科和国家教委重点学科，上海交通大学医学院重点学科，上海市胃肠道肿瘤重点学科。

肾脏学部门

上海交通大学医学院附属瑞金医院肾内科创建于1965年，1976年成为独立科室。现设有临床科室、病理科室、检验科、透析室四个科室。肾内科是中国成立最早、设备最完善的内科之一，是上海市卫生局医学重点学科。