南京现有本科院校24所：南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、南京工业大学、南京邮电大学、河海大学、南京林业大学、南京信息工程大学、南京农业大学、南京医科大学、南京中医药大学、中国药科大学、南京师范大学、南京财经大学、江苏警察学院、南京体育学院、南京艺术学院、南京工程大学、三江学院、南京工程学院、南京审计学院、南京孝庄学院、南京特殊教育师范学院、南京森林警察学院、金陵科技学院、南京交通学院、江苏第二师范学院。

南京独立学院有东南大学城县学院、南京理工大学金陵学院、南京理工大学紫金学院、南京航空航天大学金城学院、南京工业大学浦江学院、南京审计学院金审计学院、南京财经大学洪山学院等7所。

南京有17所大专院校：江苏经贸职业技术学院、江苏联合职业技术学院、江苏海事职业技术学院、应天职业技术学院、南京交通职业技术学院、南京科技职业学院、正德职业技术学院、中山职业技术学院、金肯职业技术学院、南京铁路职业技术学院、南京信息职业技术学院、南京视觉艺术职业技术学院、江苏城市职业学院、南京城市职业学院、南京机电职业学院、南京旅游职业学院、江苏卫生职业学院。

南京有南京联合工人大学、第一空军工人大学、江苏开放大学、江苏省政府机关管理干部学院、南京广播电视大学、江苏省青年管理干部学院等7所成人高等院校。

南京有陆军指挥学院(副集团级)、海军指挥学院(副集团级)、陆军工程大学(副集团级)、国防大学政治学院(副集团级)、国防科技大学南京校区(正规级)、陆军炮兵防空学院北京南校区(副集团级)等6所军事院校。

南京有四所宗教院校：金陵协和神学院、江苏神学院和中国佛学院栖霞山分校。