哥本哈根大学位于北欧和欧洲大陆的十字路口，拥有500多年的历史。建校以来，从中世纪学术大师与罗马教廷和国王的辩论会，到20世纪上半叶玻尔、爱因斯坦两位科学巨擘的学术论争，形成了不断探索真理、追求完美、繁荣文化、拓展文明的教育创业史。

哥本哈根大学成立于1479年6月1日，经国王克里斯蒂安一世批准成立。与其他欧洲国家早期的大学一样，哥本哈根大学最初是由天主教会创建和管理的，目的是培养牧师和传播基督教思想。早期的哥本哈根大学除了开设神学课程外，还开设法学、医学和哲学。1482年，大学图书馆成立。从1533年到1536年，学校经历了三年的丹麦内战。

1537年马丁路德的新教改革后，哥本哈根大学被移交给丹麦路德国教，由天主教大学重建为新教大学。新徽章上的人物是国王克里斯蒂安三世，他批准并支持重建。1569年，腓特烈二世为学校的师生设立了奖学金基金。1642年，学校在圆塔(Rundetarn)开设了天文台。1654年，大学图书馆搬到了圆塔附近。1661年，腓特烈三世开始建造皇家图书馆。

1675年至1788年间，哥本哈根大学引入了学位考试制度，该制度首先应用于神学院，后来应用于其他学院。课程的数量，特别是医学和法律课程的数量迅速增加，学校的规模也在扩大。哥本哈根大学图书馆、教学医院等重要项目也相继建成，成为丹麦高等教育和科研的中心。1788年的宪章规定了大学的职权范围，并将其从一所古典的欧洲大学转变为一所现代学术机构。所有科目的学生都必须参加学位考试才能获得证书。该大学也开始将其重点从教学转向研究。

1842年至1850年间，哥本哈根大学经历了一次重大的院系重组。原医学院和外科医学研究所合并为健康科学学院。1848年，法学院也进行了重组，将新的政治学科纳入法学院。1850年，数学和自然科学从哲学系分离出来，成为一个独立的学院。

1877年，哥本哈根大学招收了第一位女学生。20世纪上半叶，起源于第五次索尔维会议的哥本哈根学派与爱因斯坦、普朗克、薛定谔、马克斯冯劳、德布罗意等人之间的学术争论被认为是物理学史上最大的一次交锋。弥漫在这里的强烈而清新的学术自由气息使这所古老的学府得以存活。

1960年至1980年是哥本哈根大学发展的黄金时期。在此期间，学生人数从6000人增加到26000人，教师人数也大幅增加。此外，一个新的动物学博物馆和一个以奥斯特和奥古斯特克劳命名的研究所也在这一时期建成。1970年，哥本哈根大学颁布了使大学民主化的规定。该规定于1973年修订，并很快被丹麦所有高等教育机构采用。1990年至1993年的改革使大学提供的所有课程都有资格获得学士学位。

1993年，法律专业从社会科学学院分离出来，成为一所独立的法学院。1994年，哥本哈根大学开设了环境科学、南北关系和生物技术的新专业，并获得了适合其长期发展的政策方向。自1996年以来，几座新建筑已经建成，包括阿玛格岛的生物技术中心和人文学院大楼(现在的南校区)。

1997年，哥本哈根大学加强了与新西兰岛上的其他丹麦大学以及与厄勒海峡对岸的瑞典高等教育机构的联系，形成了一个信息共享和资源共享的学术共同体(resund University)，并在哥本哈根大学和隆德大学设立了秘书处。随着厄勒海峡大桥的开通，双方的交流日益频繁，使其成为北欧最具活力的科研创新区域。

在21世纪初，该大学拥有超过37,000名学生和7,000名教职员工，使其成为全国最大的教学机构。2006年，哥本哈根大学宣布开始逐步从哥本哈根市中心拥有500多年历史的教学楼中撤出，将越来越多的院系集中起来，形成一个更大、更现代化的校园，加强跨学科的合作。

2007年，随着丹麦皇家兽医和农业大学和皇家医科大学的合并，哥本哈根大学成立了两所新学院：生命科学学院和医学科学学院。生命科学和医学学院的生命科学和制药科学以及健康科学使其成为北欧最大的健康和生命科学中心之一。2012年，医学科学学院、健康科学学院和生命科学学院的三分之一合并为医学与健康科学学院，生命科学学院剩余的三分之二合并为自然科学学院。在这一点上，成立了六个部门。

2013年4月，皇家图书馆与信息科学学院并入人文学院。