京东自营店、旗舰店和加盟店的区别如下：

1. 自营店：京东自营店是指由京东自营经营，商品由京东直接采购、储存、配送及提供售后服务的店铺。自营店的产品通常有京东严格的质量控制和保证，提供的服务也更加完善。

2. 旗舰店：旗舰店是品牌厂商在京东平台上的官方门店，通常由品牌自身或与京东合作的第三方商家经营。旗舰店拥有高水平的品牌授权和独立经营，可以自主定价、推广和提供售后服务，同时提供更全面、更深入的品牌展示和体验。

3.加盟店：加盟店是指经京东官方认证和授权的商家在某一领域或品类经营的门店。加盟店的商品通常专业性和准确性都很高，可以为一些特定的商品类别和消费群体提供更专业的产品和服务。

一般来说，自营店有京东平台的质量保证和严格的服务标准，旗舰店提供更全面深入的品牌体验，加盟店注重某一领域的专业性和精准性，适合一些特定的消费者需求。

除此之外，自营店、旗舰店和专卖店之间还有一些其他的区别：

1. 产品来源：自营店的产品由京东直接采购和销售，旗舰店的产品由品牌或其授权的第三方供应商提供，加盟店的产品通常由京东官方认证和授权的商家销售。

2. 售后服务：京东为自营店提供售后服务，品牌商或商家为旗舰店、加盟店提供售后服务。每家店的售后服务可能有所不同，所以在购买前了解相关的售后政策是很重要的。

3.价格和促销：自营店价格较为稳定，旗舰店和加盟店价格可能会有一定的波动和差异。此外，促销和优惠券可能因商店而异。

4. 评价和口碑：自营店、旗舰店和加盟店的评价和口碑可能会有一定的差异。京东平台上的自营店评价通常稳定可靠，而旗舰店和加盟店的评价则更多地受到品牌和商家声誉的影响。

总之，不同类型的商店在产品质量、售后服务、价格和信誉上都有一定的差异。消费者在购物时应该根据自己的需求和喜好做出选择。