深圳市第三人民医院(南科大第二附属医院)成立于1985年。是深圳市政府创办的三级甲等传染病研究医院。医院占地面积10万平方米，现有建筑面积21.5万平方米。2019年，总床位数达到1600张。医院现有职工1475人，其中高级职称282人，博士后13人，博士、硕士333人。享受国务院特殊津贴专家2人，享受深圳市特殊津贴专家2人，省市学科带头人18人。

深圳市第三人民医院(原深圳东湖医院)创建于1985年，是一所现代化综合医院。2020年2月，深圳市第三人民医院二期正在加速建设，建成后可增加1000张床位，被称为“深圳版小汤山”。

2021年11月，复旦大学医院管理研究所在上海发布复旦版《2020年度中国医院综合排行榜》和《2020年度中国医院专科声誉排行榜》。深圳市第三人民医院不仅进了百强医院，其结核科也进了前五。

2022年8月，国家卫生健康委员会、海关总署、国家中医药管理局等部门联合表彰了全国消灭疟疾工作先进集体和个人。在广东，林荣荣等6个集体和14名个人受到表彰。

深圳市第三人民医院外科形成了一支学科齐全、技术力量雄厚、设备齐全的医疗队伍。拥有国内外先进的医疗设备：胆道镜、腹腔镜、经皮肾镜、体外碎石机、经尿道前列腺电切术、输尿管镜、胸腔镜、关节镜、椎间孔镜、麻醉系统、一体化手术室、超声刀等。打造腹腔镜微创外科、肝胆外科、胸外科、泌尿外科、骨科、神经外科等特色专科。

医院积极响应深圳市政府“东向战略”的要求，同时围绕“一体两翼、四柱八支”的建设方针，医院整体发展，以传染病国家临床重点专科和器官移植中心建设为两翼，以肝病、肺病、艾滋病、新发传染病四大医疗中心为支柱，全力打造八大综合专科为支撑，打造深圳医疗高地。

深圳市第三人民医院(以下简称“深圳三院”)按照“准备比使用好，不使用不准备”的要求，正在加快二期建设，被网友称为“深圳版小汤山”。二期改扩建工程完成后，医院总建筑面积将达到44万平方米，总床位数将达到2300张。

该项目与深圳市第三医院仅一墙之隔。预计项目面积超过6万平方米，可新增床位1000张。

到2020年2月3日，工地上几十台机器正在平整土地，一小块地方已经浇上了水泥。

2022年4月，深圳市第三人民医院感染科分院荣获“深圳市五四红旗分院(总分院)”称号。