1、菌丝生长阶段管理。如果有些地方的菌种在播种后10天内没有发芽，可以洒石灰水促进发芽，播种后可以在大棚或向阳的畦埂上盖一层草帘保温。在7-10的温度下，15天左右菌丝会长满缘面，30天左右深入到料面以下5厘米左右。40天后可以揭膜通风促芽。此时需要保持80%以上的高湿度环境，每天揭膜10分钟，促进菌床由灰色变为雪白。当菌床雪白，有大量琥珀飞沫时，要立即催芽。方法是在培养料上支撑10-20 cm高的地膜，使空气湿度达到80%以上，每天通风2-3次，每次20分钟，连续一周大量出菇蕾。出菇前保持菇床湿润，但不能有积水，避免积水和烂菇，温度控制在10-12，避免光照直射。

2.结果后管理。当金针菇长到1-2 cm时，揭去料面的塑料薄膜，保持湿度在90%以上，每天给大棚通风1-2次，每次20分钟。棚内二氧化碳浓度降至0.114%以下。中期在栽培床上支撑一层细纱布，这样可以在纱布上喷水，避免水对幼菇的冲刷，同时避免阳光直射，加速幼菇的生长。这个阶段温度要保持在5-8。

3.适时采收：当茎长而不开伞，颜色为浅乳白色时，即可采收。收割时，一只手压住菇床，另一只手从根部摘下菇簇。收割后清理床面，喷水后用薄膜覆盖。喷水几天，直到下一个蘑菇长出来。

4.谷壳还田：金针菇栽培后，谷壳中仍有较高的有机质和氮、磷、钾等营养成分。菌糠还田可以减少蔬菜种植的化肥用量，增加土壤有机质含量，提高蔬菜产量和品质。金针菇栽培结束后，将谷壳从袋中倒出，打碎后均匀铺在土壤表面，通过翻耕使谷壳与表土充分混合，然后准备下一茬蔬菜。